卡勒姆·林奇（迈克尔·法斯宾德 饰）在死刑行将履行之前苏醒过来，发现他被索菲娅（玛丽昂·歌迪亚 饰）选中，来加入一个能让人类解脱暴力感动的打算。虚拟实际机械Animus能让用户体验先人的记忆，被绑在机械上以后，卡勒姆·林奇意想到他是糊口在西班牙宗教法庭期间一名刺客阿圭拉的后裔，他们寻觅的是可以节制自由意志的伊甸园苹果。索菲娅在父亲艾伦（杰瑞米·艾恩斯 饰）施加的压力下不甘心地把持着卡勒姆·林奇回到曩昔寻觅伊甸园苹果在现代世界的着落，要挟着他身体和心理的健康。但在杀手同业穆萨（迈克尔·威廉姆斯 饰）暗示了卡勒姆·林奇，提示他艾伦有可能念头不纯以后，卡勒姆·林奇起头从头斟酌他的行动和念头，而人类自由意志的命运也变得悬而未决……他们所遭遇的蜂兽，被称为宇宙最强威胁，不仅可以伪装成任意形态，更有震动大地的神奇力量，这股邪恶势力已经开始在地球上兴风作浪，一场前所未有的挑战正等着黑衣人探员前去化解。